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读书笔记是指读书时为了把自己的读书心得记录下来或为了把文中的精彩部分整理出来而做的笔记。在读书时，写读书笔记是训练阅读的好方法。
自私的基因读书笔记一：
自私的基因基本论点
人类和其他物种都是各自的基因所创造的生存机器或者叫生存载体，进化的关键在于基因的利益。基因通过自己编写的程序控制着生命体的行为以达到自己的利益，一个成功的基因突出的特点就是其无情的自私性。
我最喜欢的一个章节：作者的原始汤比喻
30-40亿年前生命诞生初期的海洋就如同一个原始汤，里面包含一些简单的化合物：水，二氧化碳，甲烷和氨。有机物质在某些地方聚积起来，在受到紫外线之类的能量影响后结合成更大一些的分子，由于没有细菌，这些有机分子可以存在很久。于是大量的有机物质就形成了浓稠的原始汤。
某一时刻一个分子突然获得了复制自己的特性，随着复制错误的产生和扩散，原始汤中的有了差异化的复制分子种群。更加稳定的分子寿命更长，并且有更长的时间去复制自己，于是形成了一个进化趋势。这些分子是不是有生命的?作者的解释是词汇仅仅是供我们使用的工具，有生命的是人类为了理解世界而进行的一种分类。因此是否是有生命的定义并不影响它的存在和演化等客观事实。
待原始汤中的自由有机分子降低到一定比例，复制分子的竞争开始了，那些变异出能够分裂其他品种的复制分子形成了进化趋势，随之而来的是那些变异出能够将自己裹在一层蛋白质中以保护自己的进化趋势，这也许就是第一批细胞的成长过程。
随着时间的推移，复制分子为了保证自己在世界上得以存在下去而采用的技巧逐渐改进，用以改良的时间几乎是无穷无尽的。经过40亿年古代的复制分子又变成什么样子了呢?
今天，别以为它们还会浮游于海洋之中。很久以前，它们已经放弃了这种自由自在的生活方式了。在今天，它们群集相处，安稳的寄居在庞大的步履蹒跚的机器人体内，与外界隔开来，通过迂回曲折的间接途径与外部世界联系，并通过遥控操纵外部世界。它存在于你和我的躯体内，它们创造了我们，创造了我们的肉体和心灵，而保存它们的真是我们存在的终极理由。这些复制分子源远流长，今天我们称之为基因，我们就是它们的生存机器。
自然选择的颗粒度(最小单位)是基因
任何一个个体不过是寿命不长的基因组合体的临时运载工具，而基因却能够生存很久。基因不会衰老，它一代一代的从一个个体转到另一个个体，用它自己的方式，为了它自己的目的，操纵着一个又一个的个体，它在一代接一代的个体陷入衰老死亡之前抛弃这些将要死亡的个体。
每个个体都是独特的，也就是说仅有一份拷贝，因此在实体之间进行选择是不能实现进化的。你的子女自由一半是你，你的孙子孙女自由1/4是你，经过若干代，你的独特特性在你的后人中只有极小的一部分，即使他们还姓你的姓。
成功的基因并不一定是强大的基因，而仅仅是在群居协作条件下比其他对位基因能更好的操纵生命体去生存和繁衍基因。作者使用了说德语的划船手和说英语的划船手在教练心目中的能力作为比喻。
生存机器与机器人
生命体都是有目的性的，但是有目的性的却不一定是生命体，例如各种被委以使命的机器人。基因也控制着它们所属的生存机器的行为，但不是像钢铁人那样人为操作，而是像给无人操作的机器人编写程序那样间接操控。因为时滞原因，它们只能事先部署，事后生存机器在独立操作时它们只能袖手旁观。作者用了《仙女座的A》中的故事来比喻：离我们200光年之遥的仙女座里又一个文明世界，那里的人们想把他们的文化传播到远方的世界去，但是，一切通信都需要太长的时间，等待对方的回应并保持通信是没有实际意义的。因此，他们写了一份长篇电文，指导别人如何建造一台巨型计算机并为它编制程序。人类截获了电文并按照指示建立了巨型计算机，然而仙女座人实际上是想利用这样的巨型计算机进行殖民统治，这台计算机几乎把整个世界至于它的独裁之下。仙女座人并没有直接操纵地球上的事务，而是用这样一台计算机来达到他们的目的，正如我们的基因为我们建立了一个大脑一样。
基因预测到，吃糖和交配可能对自己的生存有利，因此告诉了大脑口中的甜味以及情欲亢进是有益的。但基因却不能预见到糖精和自慰也可能为它们带来满足。它们也没有能适应，在物资充裕的现代糖吃的过多的危害。
一些有趣的观点
基因库中在生命周期晚期活动的致死基因比早期活动的致死基因稳定，因为年纪较大的个体如果至少经过若干次生殖之后，致死基因的作用才表现出来，那么它依然可以遗传给无数后代。因此，如果可以想办法让基因认为它所寄居的个体比实际的要年轻那么就可以延长人的寿命。
无性生殖和一般生长无任何区别，二者都是简单的有丝分裂，因此整片榆树林可以认为是一个单一的个体。
自私的基因读书笔记二：
蚁群效应
蚂蚁、蜜蜂、白蚁的种群通过化学信号来互通情报，整个集体行动起来好像是一个单位，具备自己的神经系统和感觉器官。KK的《失控》一书中把这种昆虫群体的集体行动称为“涌现”。
在群居昆虫的群落里，大多数个体是不育的职虫。不朽的基因连续线只贯穿在少数有生殖能力的个体之内，它们和我们精巢和卵巢里的生殖细胞相似。而不育的职虫和我们的肝脏，肌肉和神经细胞相似。
一个群居昆虫的群落就是一个大家庭，其所有成员通常都为一母所生。有生殖能力的雌虫叫女王，它们不干其他任何事情，依靠职虫为它提供食物和保护。职虫从不繁殖，一般分为若干明显的等级，包括兵虫，大职虫，小职虫以及一些高度专业化的等级如“蜜罐蚁”。
蜜罐蚁的蚁群中，有一种工蚁不做其他工作，整天吊在巢顶上一动不动。它们腹部装满了食物，大的像电灯泡，其他工蚁把它们当作食品库。它们不再是作为个体而存在，而是为了集体的利益抑制自己的利益。
一只正常动物的躯体之所以受到操纵就是为了要生育后代以及抚养拥有同样基因的其他个体，以保证基因得以生存下去。只要我们接受了职虫都不能生育这个事实，它们的自杀行为以及其他形式的利他性或合作性行为就不那么惊讶了。自杀性的自我牺牲行为很少进化——工蜂从不生育自己的后代。它们全部的精力都用于照顾不属于自己后代的亲属从而保存自己的基因。一只不育的工蜂的死亡对它自身基因的印象，宛如秋天一颗树落下的一片树叶对树的基因的影响。
一个与此相反的观点是，职虫“耕耘”有生殖能力的雌虫，驱使雌虫提高繁殖能力以复制职虫的基因。女王制造出来的不是职虫的后台，但它们都是职虫的近亲。有实验证明，为女王提供食物和保护的职虫其实可以出于其自身的利益(传递更多与自己相同的基因)而实际上操纵一切。
觅母——文化基因
秦始皇不能够和一个现代中国人交谈，尽管我们和他之间大约“仅”有100代，而每一代人都能和其上一代或下一代人交谈。语言是通过非遗传途径“进化”的，而且速率比遗传进化快几个数量级。
文化不是人类所独有，实验证明黑背鸥的歌唱曲目也是通过非遗传途径进化的。
当你把一个有生命力的觅母移植到我的思想中时，事实上我的大脑就变成了这个觅母的宿主，使之成为传播这个觅母的工具，就像病毒寄生于一个宿主细胞的遗传机制一样。
我们的基因可能是不朽的，但体现在我们每一个人身上的基因集体迟早要消亡。伊丽莎白二世是英王威廉一世的直系后裔。然而在她身上非常可能找不到一个来自老国王的基因。我们不应该指望生殖能带来永恒。但如果你能为世界文明作出贡献，如果你有一个精辟的见解或作了一个曲子、发明了一个火花塞、写了一首诗，及时你的基因在共有的基因库里全部分解后，这些东西(觅母)仍能长久存在，永不湮灭。
基因的延伸
基因作用于行为学：石蚕蛾的基因决定了它将造出哪种形状的房子。
寄生生物的基因也可以间接作用于寄主，而关键点是寄生生物将基因传递给后代的方式是否和宿主的基因相同。如果相同，寄生生物与寄主的目标一致：是帮助其宿主生存并繁殖。随着演化进行，它将不再是一个寄生生物，而将与宿主合作，甚至最终融入宿主组织，完全无法辨认其原为寄生虫。我们实际上是所有古代寄生生物合成的遗物。更甚一步，如果寄生生物与宿主的基因共享一个离开方式：进入宿主的生殖细胞。这时哪些是宿主基因，哪些是寄生基因已经无关紧要了，因为生殖细胞是它们共同抵达未来的方式。
当我们感冒咳嗽时，我们通常认为这些症状是病毒行为的副作用。但某些情况下，它们更可能是病毒精心策划的方法，以帮助其寻得下一个宿主。
瓶颈生命循环
想象两种虚拟的海藻：瓶藻和散藻。
散藻有杂乱无章的枝叶，这些枝叶时不时断落并漂浮而去。这种断落可以发生在支部任何部位，碎片可大可小。散藻的枝叶可以像断枝的正常植物一样重新成长，掉落的部位其实是一种繁殖的方法。
瓶藻的繁殖方式是释放单细胞孢子，由其在海里漂浮离去并成长为新的植物。这些孢子只是植物的细胞，和其他植物细胞没有区别。瓶藻没有性生活，子女所含的细胞只是父母植物细胞的克隆。
这两种海藻唯一的不同是：从散藻处独立的生物有许多细胞，而瓶藻释放的永远是单细胞。
这两种植物让我们看到瓶颈生命循环和非瓶颈生命循环的根本不同。瓶藻的每一个后代都是通过挤压自己，经过单细胞瓶颈繁殖而成。散藻则在生长之后分为两截，很难说是传递单独的后代还是其已包含许多单独的生物。
可以看到，散藻的繁殖与生长方式是相同的，事实上它基本不繁殖。而瓶藻则在生长和繁殖之间划分了清洗的界限。
瓶颈般的生命循环的重要性在于它使回到最初的原点称为可能。
结尾
即使在今天，不是所有基因的表现型作用都只限制在其所在的个体生物内。理论上，也在实际中，基因跨越个体生物的界限，操纵体外世界的物体，包括无生命的事物，有生命的生物体，遥远距离外的事物。我们只需要一点想象力，就可以看见基因端坐于延伸表现放射网的中心位置。世界上任何一个物体都处于这张影响力网中的节点，这些影响力来自许多生物体内的许多基因。基因的触及范围没有明显的界限。整个世界是一个十字，是有狙击的基因指向表现型作用的因果箭头，或远或近。
物理学的时间箭头是是熵增加的方向，曾有科学家定义生命为：可以减少熵的事物。那么，从这个意义上，也可以这么说，宇宙的物理学定律与基因共同塑造了我们今天的世界。
注：本书作者自始至终强调不能把基因看做是自觉地有目的的行为者，但是，盲目的自然选择使它们的行为好像是带有目的性的。凡是存在有性生殖的地方，每一个基因都同它的等位基因进行竞争，这些等位基因就是它们争夺染色体上同一位置的对手。
自私的基因读书笔记三：
我们从何处来?将要到哪里去?
在达尔文之前的人类，都觉得自己是神的子孙，或者是跟神有某种关系，然后达尔文横空出世，拿着一堆动物的骸骨和化石，对狂妄自大的人类说：别做梦了，咱们不过是猴子的亲戚而已，咱们的老祖宗包括地球上一切卑贱的生物，咱们也终将被更高级的生物所代替。
达尔文的这些话即使是在今天看来，也是很难接受的，看看日本人就知道了，让他们承认自己的爷爷辈曾经干过伤天害理的事情都那么难，更何况承认自己是猪狗的后代呢?
不过《自私的基因》的作者又给我们提供了另一条思路，当然作者自己也说，这种新思路甚至在达尔文时期就已经初现端倪了，什么思路呢?那就是，我们只不过是基因制造出来的保护壳而已，世间的生物只不过是各种不同形式的保护壳，大家存在的目的只有一个，就是帮助基因繁衍下去。
说得更简单一点儿，作者认为，咱们其实就是一辆坦克，而驾驶员就是基因。
不太好接受是吧?没关系，如作者所说，这只是一种思路而已，当然他觉得这种思路更加符合事实。
暂且接受这个观点，看由此出发能推导出什么结论。
首先，这个理论肯定了人类在生物界的特殊性。因为人类之前的进化，全是依靠基因的突变，这种方式漫长而无效率，而人类产生之后，人类就可以利用杂交等技术使得进化变得有方向性了，而更进一步，人类可以改变基因，创造出任何生物。
这个结论听上去有伦理问题，而且也很可怕呵呵，没关系，后面的结论大多是比较有意思的。
基因的寿命无限长，而它的载体却没必要很长。这是对生老病死的一种解释，因为只要有繁殖，基因就可以把自己延续下去，而我们--基因的载体，只要完成了这个任务，那继续活下去也就没啥用了，所以当人完成了抚养未成年人的任务之后，就要面对死亡。
基因不会直接控制我们，而是生产出我们之后听之任之，就像程序员与电子游戏，程序员编出来游戏后就不做什么大的修改了，只要把它放到市场上就好，成功的游戏留在市场上卖钱。
一个社会的领导者总是少的，群众总是多的，厉害的人总是少的，受欺负的总是多的，因为基因博弈论证明，少数鹰派和多数鸽派是种群的最佳搭配方式。
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